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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围实时足球网赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

赢得过5次（及以上）冠军或者曾连续获得三届冠军的球队，可在球衣上使用欧冠冠军荣誉臂章；现在仅有6支球队允许使用，分别是皇家马德里（15）、AC米兰（7）、拜仁慕尼黑（6）、利物浦（6）、巴塞罗那（5）和阿贾克斯（4）。 除此实时足球网之外欧冠和欧联卫冕冠军也将在比赛中佩戴专属臂章，欧冠卫冕冠军臂章为圆形内有大耳朵杯形象剪影图案，欧联卫冕冠军臂章则是在星球章外围加入一道圆环，并标注“UEFA EUROPA LEAGUE XXXX WINNERS”的字样。（注：XXXX为俱乐部刚刚获得欧联冠军的年份）

2008年9月26日，欧足联执委会决定从2009/10赛季起，欧洲联盟杯更名为欧足联欧罗巴联赛并对赛制进行改革。最大的改变是小组赛将由48队参加，分成12小组，每组4队进行主客循环赛，每组前两名（共 24 队）将联同欧冠小组赛第三名总共 32 队晋级淘汰赛。2013年5月欧足联决定，2015/16赛季起欧洲联赛的卫冕冠军将会参加下赛季欧冠联赛附加赛；若欧冠卫冕冠军国内联赛成绩已经保证其获得欧冠小组赛资格，欧联卫冕冠军将直接参加小组赛。此外，此次改革后直接晋级欧洲联赛小组赛的球队将增至16支。 2018/19赛季起，欧洲联赛的卫冕冠军将直接参加欧冠小组赛。2020/21赛季起，欧洲联赛小组赛球队缩编为32队，8个小组实时足球网第一直接参加1/8决赛，8个小组第二将与8个欧冠小组第三进行附加赛优胜者进入16强。 此外，欧洲联赛的8个小组第三将与新成立的欧洲足联协会联赛（以下简称：欧协联）进行附加赛，优胜者可以留在欧洲赛场参加欧协联1/8决赛。